Bu sezonla birlikte UEFA Avrupa Ligi'nde 4. kez son 32 takımın yer aldığı turda mücadele edecek sarı-lacivertli ekip, 2004-2005, 2006-2007 ve 2009-2010 sezonlarında rakiplerine elenerek kupaya veda etti.
2004-2005 sezonunda UEFA Şampiyonlar Ligi'nde 1. turdaki grupta 3. sırada yer alıp yoluna UEFA'da devam eden sarı-lacivertliler, son 32 takımın yer aldığı turda kupaya veda etti. Bu turda İspanya'nın Real Zaragoza takımıyla eşleşen Fenerbahçe, İstanbul'da 1-0 yenildiği rakibine deplasmanda da 2-1 mağlup olunca, kupadan elendi.
2006-2007 sezonunda Avrupa arenasında UEFA Şampiyonlar Ligi 3. eleme turunu geçemeyen sarı-lacivertliler, yoluna UEFA'da devam etti. Kupanın ikinci tur mücadelesinde (H) Grubu'nda yer alan Fenerbahçe, gruptaki 4 maçta 1'er galibiyet ve beraberlik ile 2 yenilgi alıp 4 puanla 3. tura yükseldi. Son 32 takımlı turda Hollanda'nın AZ Alkmaar takımı ile eşleşen sarı-lacivertliler, 3-3 ve 2-2'lik skorlarla kupaya veda etti.
2009-2010 sezonunda Avrupa mücadelesine UEFA Avrupa Ligi 3. eleme turundan başlayan Fenerbahçe yine 32'ler turunda kupaya veda etti. (H) Grubu'nda Hollanda'nın Twente takımına karşı İstanbul'daki ilk maçı 2-1 kaybettikten sonra, üst üste diğer 5 maçını kazanarak 15 puanla grubu birinci tamamlayan Fenerbahçe, gruptan sonra Fransa'nın Lille takımı karşısında 2-1'lik yenilgi ve 1-1'lik beraberlikle kupadan elendi.
BEŞİKTAŞ
GALATASARAY
TRABZONSPOR