2012-13 sezonu başında Fenerbahçe'ye gelen Hollandalı oyuncu Dirk Kuyt, geride kalan dönemde sarı-lacivertli forma altında 99 resmi maça çıktı. Süper Lig'de 68 maç, Ziraat Türkiye Kupasında 7 maç, TFF Süper Kupasında 3 maç ve Avrupa kupalarında 21 maça çıkan Kuyt toplamda 27 gol atıp 20 asist yaptı.
Kuyt 68 lig maçında 18 gol atıp 15 asist yaparken Ziraat Türkiye kupasında 7 maçta 1 gol 2 asist, Avrupa Kupalarında 21 maçta 7 gol 3 asist ve TFF Süper Kupasında ise 3 maçta 1 gol atmayı başardı. Kuyt, Fenerbahçe forması altında 3 sezonda1 Süper Lig Şampiyonluğu, 1 Ziraat Türkiye Kupası ve 1 TFF Süper Kupa şampiyonluğu yaşadı.
2012-13 sezonunda UEFA Avrupa Ligi'nde yarı final gördü. Kuyt, hali hazırda Fenerbahçe'nin kadrosunda yer alan oyuncular içinde Avrupa Kupalarında en çok gol atmış isim unvanına sahip.