"Kara Kartallar", UEFA Şampiyonlar Ligi'nde gruplara kalmak için 6 kez ön elemelere katılırken, bunların 3'ünde turu geçti.
İlk olarak 1995-96 sezonunda "Devler Ligi" ön elemesinde Norveç'in Rosenborg takımıyla eşleşen siyah-beyazlılar, deplasmandaki ilk maçı 3-0 kaybedip, rövanşta 3-1 kazanmasına rağmen elenmekten kurtulamadı.
1997-1998 sezonunda ön elemede Slovenya'nın Maribor takımının karşısına çıkan Beşiktaş, ilk maçta İstanbul'da golsüz berabere kaldığı rakibini deplasmanda 3-1 yenerek, tarihinde ilk kez UEFA Şampiyonlar Ligi'ne kaldı. 1999-2000 sezonunda İsrail temsilcisi Hapoel Haifa'nın karşısına çıkan Beşiktaş, İstanbul'da 1-1, rövanşta ise 0-0 berabere kalarak elendi.
2000-01 sezonunda Bulgaristan'ın Levski Sofya takımını 1-0 ve 1-1'lik skorlarla eleyen siyah-beyazlılar, sonraki ön eleme turunda Rusya'nın Lokomotiv Moskova takımını iki maçta da 3-0 ve 3-1 mağlup ederek, gruplarda mücadele etmeye hak kazandı. 2007-08 sezonunda önce Moldova'nın Sheriff (1-0, 3-0), ardından İsviçre'nin Zürih (1-1, 2-0) takımlarını eleyen siyah-beyazlılar, UEFA Şampiyonlar Ligi'ne kalmayı başardı.
2014-2015 sezonda Arsenal ile eşleşen ve sahasında oynadığı ilk maçtan golsüz berabere ayrılan Beşiktaş, rövanş mücadelesini 1-0'lık skorla kaybederek gruplara kalamadı.

