Futbola İsveç'in Halmstad takımında başlayan, Emir Kujovic, 3 sezon giydiği Halmstad formasıyla toplam 10 gol kaydetti. 2010-2011 sezonunda Kayserispor'a transfer olan Kujovic, ilk sezonunda toplam 12 karşılaşmaya çıkarak rakip filelere 4 gol atma başarısı gösterdi. Geçtiğimiz sezon Kayserispor'da çıkış yakalayan genç futbolcu, 18 karşılaşmada 8 gol kaydederek Kayserispor'un en golcü oyuncularından biri olmuştu.
Bu sezon fazla forma şansı bulamayan Emir Kujovic, 4 karşılaşmada görev alırken gol atma başarısı gösteremedi.