Futbol kariyerine ülkesinin Midtjylland kulübünde başlayan Danimarkalı oyuncu, burada gösterdiği başarılı performans ile İtalya'nın Palermo kulübüne transfer oldu. Palermo'da 2 sezonda 62 maça çıkan Kjaer 5 kere ağları sarsmayı başardı.
Palermo'da ortaya koyduğu istikrarlı performansla Bundesliga'ya transfer olan Danimarkalı stoper, Wolfsburg'da geçirdiği ilk sezonda 32 maçta ter dökmesinin ardından Roma'ya kiralandı.
Roma'da geçirdiği sezonun ardından Wolfsburg'a geri dönen Kjaer, burada geçirdiği ikinci sezonunun ardından 2013-2014 sezonunda Fransa'nın Lille takımına transfer oldu.
Lille formasıyla 79 maça çıkan Danimarkalı stoper, gösterdiği istikrarlı performansla takımın vazgeçilmez oyuncusu olurken, bu süre zarfında 4 kez ağları sarsmayı başardı.