Futbola 2000 yılında Fenerbahçe altyapısında başlayan Mert Günok, Fenerbahçe'de geçirdiği başarılı sezonlarla dikkat çekti.
Fenerbahçe kariyerinde son 5 sezonda 50 maça çıkan 26 yaşındaki kaleci, bu mücadelerde kalesinde 58 gol gördü.
2010-2011 sezonun ardından koruduğu kaleye 9 penaltı kullanılan Mert Günok, bu penaltıların 5'ini kurtarmayı başararak ulaşılması güç bir istatistiği gerçekleştirdi.